Göncz Lajos római katolikus vallású posta- és távirdafőtiszt és az unitárius vallású Haimann Ilona gyermekeként született Budapesten, 1922. február 10-én. Gyerekkorában Budán, a Bors utcában lakott nagyszüleivel. Az Új iskolába járt elemibe, majd 1932-ben beiratkozott a Werbőczy Gimnáziumba, ahol jelesre érettségizett. 1939-től az Országos Földhitelintézetben volt gyakornok, ezzel egyidejűleg a Pázmány Péter Tudományegyetem jogi karán tanult, ahol 1944-ben szerezte meg diplomáját. A Teleki Pál Munkaközösségnek is tagja volt. Mivel egyetemi felmentéssel rendelkezett, így csak a második világháború végén kapott behívót, a 25. hegyivadász pótzászlóaljhoz vonult be Bélapátfalvára. 1945-ben megszökött Németországba vezényelt egységétől. Többször is szovjet fogságba került, ahonnan mindig sikerült megszöknie.
1945-ben belépett a Független Kisgazdapártba, ahol először az ifjúsági szervezet elnöke és a Nemzedék című lap szerkesztője volt. A párt feloszlatásáig parlamenti titkárként, majd főtitkárként tevékenykedett.
A kisgazdapárt feloszlatása után segédmunkásként, hegesztőként, csőlakatosként dolgozott. 1952-től négy évig a Gödöllői Agrártudományi Egyetemre járt.
Az 1956-os forradalom alatt a Magyar Parasztszövetségben tevékenykedett, november 4-e után részt vett a Magyar Demokratikus Függetlenségi Mozgalom által benyújtott memorandumok elkészítésében. 1957-ben segített Nagy Imre „A magyar nép védelmében” című kéziratát külföldre juttatni. Májusban letartóztatták, és 1958. augusztus 2-án a Bibó-per vádlottjaként életfogytig tartó börtönbüntetésre ítélték a fellebbezés lehetősége nélkül. 1960 márciusában részt vett a váci éhségsztrájkban. 1963-ban amnesztiával szabadult.
Ezután a Veszprémi Nehézvegyipari Kutatóintézet szakfordítója lett, majd a Talajjavító Vállalathoz került. Megpróbálta befejezni Gödöllőn az utolsó egyetemi évet, de kizárták. 1965-től kezdve szabadfoglalkozású író, műfordító.
1988 májusában a Szabad Kezdeményezések Hálózatának, majd a Szabad Demokraták Szövetségének alapító tagja. 1988-tól az SZDSZ ügyvivője, majd 1989-től a párt Országos Tanácsának tagja. A Történelmi Igazságtétel Bizottság alapító tagja, majd alelnöke. 1989-től az Emberi Jogok Ligája budapesti tagozatának elnöke. 1989 és 1990 között a Magyar Írószövetség elnöke, majd tiszteletbeli elnöke. 1990 májusától országgyűlési képviselő. 1990. május és augusztus között az Országgyűlés elnöke, május 2-tól augusztus 3-ig ideiglenes köztársasági elnök. 1990. augusztus 3-án (Antall József és Tölgyessy Péter, azaz az MDF és az SZDSZ vezetői közötti kompromisszum értelmében) megválasztották a Magyar Köztársaság elnökének. Országgyűlési mandátumáról lemondott, párttagságát szüneteltette. 1995-ben újabb ötéves időszakra választották meg, posztját 2000. augusztus 3-áig töltötte be. Tíz éves elnöki periódusa alatt végig kimagaslóan vezette a politikai népszerűségi listákat.
1998 áprilisában személyesen avatta fel a százhalombattai Régészeti Park 2700 éves rekonstruált halomsírját. 2000-ben a város díszpolgárává választották.
1995-ben megkapta a NOB Olimpiai Érdemrend arany fokozatát. 1997-ben a Francia Becsületrend lovagja lett. Visszavonulása után 2000-ben Budapest díszpolgárává avatták. 2002-ben megkapta a Nagy Imre-érdemrendet, 2009-ben pedig a Húszéves a Köztársaság Díjat. Több egyetem díszdoktora.